Excel中的.xls和.xlsx后缀代表两种不同的文件格式，它们在多个方面存在显著区别。
首先，从文件格式和结构来看，.xls是Excel 2003及以前版本生成的文件格式，其核心结构是复合文档类型。而.xlsx则是Excel 2007及以后版本推出的文件格式，其核心结构是基于XML的，这使得文件体积更小，读取速度更快。
其次，这两种格式在功能和性能上也有所不同。.xlsx格式的文件支持更多的函数和特性，包括一些在.xls中不可用的功能。同时，由于.xlsx采用了新的压缩算法，它在处理大型文件时通常会比.xls更快。
最后，从兼容性的角度来看，.xlsx格式是向下兼容的，可以兼容.xls格式。这意味着用户可以使用较新版本的Excel打开和处理较旧版本的.xls文件，但反之则不一定可行。
综上所述，.xls和.xlsx在文件格式、功能、性能以及兼容性等方面均存在明显差异。用户在选择使用哪种格式时，应根据自己的实际需求和Excel版本进行考虑。