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生信分析常用工具分享001——DataColor

今天给大家分享的工具是DataColor,软件由湖南大学热带农林学院贺爽开发,主要功能是用不同的颜色展示不同生物学数据之间的相关性。

软件介绍

(图片来源园艺研究作者分享会第40期)

软件下载安装

  选择Github进行软件下载,版本选择DataColor_setup_v1.0.exe;在windows桌面进行安装。

(图片来源DataColor V1.0 软件操作手册)

软件功能模块

  DataColor V1.0 功能模块包含4个功能区,分别是样本集合、结构和进化、表达分析和功能组学,样本集合功能区主要绘制日历图、相关性热图、地理分布图、主成分分析图和多变量柱状图;结构和进化功能区主要绘制Hi-C图、密度峰图、染色体线性图和染色体环状图;表达分析功能区主要绘制热图、柱状图和等高线图;功能组学功能区可绘制解剖模式图、通路富集柱状图和气泡图、基因表达点图、网络图、矩形树图和词云库;综上所述,软件功能丰富,主要用于助力生物数据可视化。

DataColor V1.0 软件主页面

绘图操作界面

  绘图操作界面十分便捷,将绘图所需数据整理成示例格式的Excel表格上传到软件中,图中颜色、线条、点的形状和尺寸、图像分辨率等元素皆可自行设置,图片可输出PNG、JPEG、SVG和PDF等格式,软件提供中文版的操作手册,图形种类齐全,操作极具个性化。

表达分析功能区环状热图界面展示

环形热图实战

Step1:实战数据文件准备

  数据格式列名为样本名,行名为基因、蛋白或代谢物名,表达量数据需要标准化的数据,文件格式可选择CSV、XLS、XLSX和XLSM。

Step2:文件导入软件

  打开DataColor V1.0软件主页,左侧功能区选择Circle heatmap。

  在右上角文件选择区导入Step1中准备的文件,本次选择xlsx文件格式。

Step3:基础参数设置

  基础参数设置如下:Y轴和X轴字体大小为8;热图颜色选择RdBu;图例标签为Expression Level;图片分辨率为1000 dpi;聚类设置默认。

Step4:可选参数设置

  可选参数设置如下:Y轴和X轴显示设置为True;Y轴和X轴字体颜色设置紫色;Y轴和X轴位置设置默认参数;图片字体设置Times New Roman;图例字体大小设置8;图例大小和颜色设置默认。

Step5:环形热图实战结果输出

  参数设置完成后,界面右下角点击Run按钮运行获得结果,点击Save进行结果保存,本次选择JPEG格式导出。

  最终结果如下图所示:

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