GraphPad Prism集生物统计、化学统计、以及科技绘图于一身，其中医学所能用到的绘图需要它几乎都能满足。Prism 现在被各种生物学家以及社会和物理科学家广泛使用。超过110个国家的超过20万名科学家依靠 Prism 来分析，绘制和展示他们的科学数据。它也被本科生和研究生广泛使用。
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如何用Graphpad Prism绘制超复杂组合图？
这张图是这样子的：
对于我来说，绘制这张图的难点是如何将3张图组合到一起，而且“右图”的绘制方向与“上图”相反才能和主图（散点图）的坐标轴一致。
此外还有直方图和累计频率点线图的组合、Offset axis、全画布辅助线的添加、图例的添加等，如果不精通R的绘图函数，寸步难行！
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“主图”绘制
数据准备的准备很简单，只需π_poolA/π_poolB和Fst这两列数据即可，然后筛选出π_poolA/π_poolB≥1.174且Fst≥0.069的数据，以及其余数据。为了方便快速演示，我这里仅选取了3万个位点数据。如果不会筛选作图数据，可参考《如何使用Excel对数据进行筛选？》一文的方法。
然后，将数据复制粘贴到Prism的XY表格中，绘制XY分组散点图即可，数据表格的样式如下：
如果不会画分组散点图，可以参考《Graphpad Prism能不能画火山图？》或《Graphpad Prism能不能画九象限图？》的作图方法。如果不想看图文教程，也可以点击
阅读原文
前往Omicshare课堂观看视频教程。最终绘制的主图如下：
|“上图”绘制
接着新建一个工程文件，新建Column型的表格，将π_poolA/π_poolB这列数据复制粘贴到表格中，然后点Analyze按钮，做2次频率分布分析。
参数设置如下，注意将两次分析的Bin width（可理解为组距）都设置为0.01，至于为什么是0.01，可根据数据的分布范围估计，保证Bin的数量约200个左右，这样画出的“密度”曲线比较光滑。
然后新建1个XY表格，将两次分析的结果合并到一个表中，并依据π_poolA/π_poolB≥1.174将频率直方图的数据分成两组，用以实现直方图的分组着色效果，方法类似分组散点图，数据准备如下。
然后，在Graph选项下，图表类型选XY的Spikes，如下，你可能会问：为什么不是柱状图呢？因为柱状图的X轴的范围无法自定义。
接下来需要对图表进行个性化设置，比如将直方图和点线图的数据映射到两个Y轴上，设置X轴的长度、范围与主图的X轴一致等（如下），具体操作看之前系列的教程，这里不再赘述。
为了之后方便拼图，这里暂时不隐藏X轴，删掉图例，“上”图的绘制效果如下：
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“右图”绘制
方法与上图绘制一样，新建Column型的表格，将Fst这列数据复制粘贴到表格中，然后点Analyze按钮，Bin width设置为0.01，做2次频率分布分析。然后，合并分析数据作图如下：
很明显，如果放置在主图的右侧，顺时针旋转90°，图表的原点在图表的左上角，无法和主图一一对应。那么如何让原点处于图表右下角呢？Prism虽有原点位置设置功能，试了下，让人吐血。只能手动改变横坐标顺序了，“你不动，我动！” 唉，期待Prism 9 XY型数据也能横向绘制图表吧！
按照主图Y轴的范围，裁剪掉多余的数据（非常重要！），然后将X轴的数据，复制到Excel中降序排列后再粘贴回Prism即可快速完成顺序颠倒，手动修改刻度标签后效果如下：
至于为什么用Excel，那是因为Prism无法只对一列排序而其他列不动！
| 图表组合
终于到了最后一步，先通过file/Merge，将3个工程文件合并成一个，当然在合并之前你也可以复制一份，并将之前一些中间分析结果、图表删掉。合并文件后，在Layouts选项下，新建空白的布局，如下：
从左侧导航栏把依次将3个图表拖到Layout1画布中，并右键“右图”，顺时针旋转90°，排列好之后使用Draw选项下的直线工具绘制虚线，如下。
回到单个图表中隐藏掉X轴，以及主图的辅助线，即可完成图表的组合，如下，满意后导出图片即可。
如果使用全部（10万多个）位点的数据，虽然没有Origin那样的Fast模式，Prism也能抗的住，绘制效果如下图，不过你可能需要一些耐心！
最终的绘制效果如下：
最后，如果你还是没学会，可以先收藏起来，跟着实操哦~
下面是GraphPad Prism 9.3.0的几个特点：
1.数据输入和处理：GraphPad Prism可以直接输入原始数据，快速进行基本的生物统计分析，如t检验、ANOVA、方差分析、线性回归等。同时，该软件支持数据的剪裁、筛选、转换和导入，使用户能够轻松地处理复杂的数据集。
2.曲线拟合：GraphPad Prism能够进行线性、非线性、对数、指数等多种类型的曲线拟合，并且提供了多种拟合算法，如Levenberg-Marquardt算法、Akaike信息准则、Bayesian信息准则等等。
3.图形绘制：GraphPad Prism提供了多种绘图工具，包括散点图、折线图、柱状图、箱形图、热力图等等。这些工具可以帮助用户轻松地创建漂亮、清晰、高质量的科学图表。
4.统计分析：GraphPad Prism支持多种常见的生物统计分析方法，如t检验、ANOVA、方差分析、线性回归、非线性回归、卡方检验、生存分析等等。它还支持多种统计图表，如误差线图、置信区间图、森林图等等，可以帮助用户快速理解和展示数据。
5.报告输出：GraphPad Prism可以输出多种报告格式，如PDF、Word、Excel等等，并且支持报告自动化生成，大大提高了用户的工作效率。
总的来说，GraphPad Prism是一个功能强大、易学易用的医学绘图软件，能够帮助用户轻松地处理数据和创建漂亮、高质量的科学图表。如果你是医学研究人员或生物科学家，GraphPad Prism是你不可或缺的工具之一。