背景说明
目标蛋白MRM定量分析是指基于质谱的多反应检测技术（Multiple Reaction Monitoring, MRM）。该技术本质上是一种质谱的扫描模式，基于目标蛋白的特定母离子和子离子对，选择采集符合目标离子规则的信号，去除不符合规则的信号干扰，进行高灵敏度、高准确性和特异性的靶向蛋白定量。MRM质谱分析主要包括三个阶段：（1）一级质谱扫描筛选出与目标分子特异性一致的母离子；（2）碰撞碎裂母离子，去除干扰离子；（3）只采集来自选定的特异离子的质谱信号。可以基于理论预测或者真实实验结果选择母离子对。
平行反应监测技术（Parallel Reaction Monitoring, PRM）是MRM的衍生技术，也可在复杂生物样品中同时对多个目标蛋白进行相对或者绝对定量检测。PRM采集目标肽段的高分辨率MS2质谱图，使用软件对ppm级别的目标离子进行峰面积抽提，有效排除其他离子的干扰。与MRM相比，动态范围更广、精度更高、灵敏度更强、重复性更好，抗背景干扰能力更强，实际操作更简单，成本更低。PRM不需要预先根据目标蛋白设计母离子和子离子对，实现了对子离子的全扫描。PRM可替代Western blot技术，高通量地在大生物样本量中验证抗体，并可应用于多种非模式生物。
PRM主要包括五个实验流程：（1）从shotgun实验或者根据理论推测选择靶向肽段；（2）制备样品的混合物；（3）预实验调整参数和靶向肽段；（4）PRM检测；（5）数据分析。PRM方法的不足之处是当待分析肽段的数量过大时，需要精细调整质谱采集参数，否则会大大影响定量数据的准确和精度。
图 PRM实验流程图
服务流程
客户在线下单——订单/实验材料确认——蛋白酶解——DDA模式建库——普图库优化——数据采集——数据分析——交付结果
服务内容及说明
我司优势
1.相对与其他类型的样本，植物样本具有随时获取的特点。
2.从样本前处理、上机检测、实验报告到专业的售后服务，提供一站式的蛋白质组学服务。
3.使用先进的质谱仪，提供高灵敏度、高通量的分析，为获得高质量的数据保驾护航。
4.可针对客户关注的蛋白进行靶向验证实验。
适用场景
1、大范围蛋白质组检测后的目标蛋白验证；
2、同源蛋白或突变蛋白定量研究；
3、对Label-free等非靶向蛋白组研究结果验证；
4、对多个蛋白质/肽段同时进行绝对定量研究；
5、研究同源度较高，但缺乏特异识别抗体的蛋白家族变化；
6、蛋白翻译后修饰定量研究；
7、生物疾病靶标绝对定量研究；
8、开发临床诊断预测试剂盒。
实验周期
自送样起30个工作日。
样品收样标准
客户下单及项目信息填写
在我司官网http://plant.biorun.com/进行注册或登录，请客户按照页面提示填写项目名称、选择项目类型、填写个人信息及联系方式，提交项目所需要的具体信息，包括：
1、样品来源、含量、状态及其他基本信息；
2、尽可能丰富的相关资料、文献。
实验信息
实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户，并发送实验报告查看网址。实验结题后，实验报告、检测结果可在线查看或打印，并永久保留。
实验交付内容
1、分析报告一份：包含实验流程，仪器型号、参数，试剂耗材，定量结果统计；
2、定量结果文件：一般为excel表格；
3、质谱原始文件：建库优化后的谱图库和PRM采集的wiff格式下机原始数据。
案例展示
经典案例
期刊：Bioresource Technology
影响因子：11.4
发表年份：2020.09
一、研究背景
虾青素属叶黄素类胡萝卜素，呈红色，在是食品、化妆品等多个行业均有应用，具有广阔的应用前景。天然虾青素的来源途径之一是红法夫酵母（Phaffia rhodozyma），在外界条件不利时，虾青素的产量会增加，然而目前已有的数据不能完全阐述红酵母合成虾青素的胁迫响应机制。已有的实验结果表明500mg/mL TiO2可以显著增加虾青素等类胡萝卜素的产量。基于此结果本研究论文，分析了TiO2对虾青素产量的影响及胁迫条件促进红法夫酵母合成虾青素的分子机制。
二、实验方法
作者以野生型红法夫酵母PR106研究对象，在YEPD培养基中分别添加或不添加500mg/mL TiO2培养酵母细胞至中期，分别取添加了500mg/mL TiO2培养的菌株C1、C2、C3为对照组，未添加500mg/mL TiO2培养的菌株S1、S2、S3为实验组，提取总蛋白，TMT化学试剂标记后，待质谱上机检测。结合质谱数据，选取15个红法夫酵母中期差异表达蛋白通过PRM靶向定量蛋白质组学进行质谱分析。
三、实验结果
本研究共定量了3193个中期红法夫酵母差异表达蛋白，其中实验组与对照组相比有5个蛋白表达量上调，56个蛋白表达量下调。上调蛋白主要定位于质膜、细胞核或细胞外，下调蛋白主要定位于细胞核、线粒体、质膜、细胞质和细胞外。GO和KEGG富集分析结果表明，差异表达蛋白主要与非膜结合器、膜的整体组分相关，主要富集于RNA降解途径且几乎全部下调。通过PRM靶向蛋白质组学验证15个差异表达蛋白结果表明，500mg/mL TiO2能明显促进酵母中期虾青素的合成。
图1 差异表达蛋白火山图
图2 TiO2胁迫下基于GO、KEGG的红酵母差异表达蛋白的功能富集分析